Das Gameplay besteht zumeist aus Wimmelbildpuzzles, aber es gibt einige extra Detailen, die du wissen musst. Erstens, um die Objekte aus der Liste zu löschen, musst du genau auf den rechten Punkt zu klicken. Du musst auch bereit sein, nach einem extra Objekt zu suchen, das von seinen Analogen auf jeden Schritt und Tritt umgeben ist. Nachdem du einige Male falsch klickst, kreist deine Maus auf dem Bildschirm einige Zeit.

Es gibt aber auch einige unterhaltende Mini-Spiele in Department 42: The Mystery of the Nine, von solchen Genren wie Gewinn3 und Puzzles. Viele von denen sind mit der Spielgeschichte verbunden. 

Wenn du jetzt denkst, es lohnt sich nicht, dieses Spiel zu spielen, irrst du! Das Spiel hat scharmante Musik und schöne Grafik.